|
|
Vliv sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu blízce příbuzných bakteriálních kmenů.
Slavíček, David ; Sedlář, Karel (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vlivem sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu bakteriálního genomu. V teoretické části byly popsány některé sekvenátory druhéa třetí generace a principy sestavování genomu. V praktické části pak byly použity nasekvenované genomy bakterií z FN Brno. Jedná se o genomy šesti bakterií Klebsiella pneumoniae, které byly nasekvenovány na dvou různých sekvenátorech, Illumina Miseqa Oxford Nanopore Technologies Minion. Tyto genomy byly sestaveny. Pro cgMLST analýzu byly vybrány vhodné geny a vyřazeny genomy, které se nepodařilo sestavit vdostatečné kvalitě. Následně byla cgMLST analýza provedena a výsledky graficky zobrazeny.
|
|
| |
|
|
Metody pro vylepšení genomového sestavení založené na signálovém zpracování
Jugas, Robin ; Provazník, Ivo (oponent) ; Sedlář, Karel (vedoucí práce)
Diplomová práce se zabývá sekvenačními metodami a metodami sestavení genomu s využitím numerických reprezentací. Teoretická část práce popisuje historii objevu DNA, jednotlivé generace sekvenačních metod, samotné metody sestavení genomu a definici numerických reprezentací. Numerické reprezentace slouží pro převod znakové podoby DNA do numerické podoby a umožňují tak využití metod digitálního zpracování signálu. V práci je navržen algoritmus pro sestavení genomu s využitím numerické reprezentace, který je dále otestován na datech sekvencí.
|
|
|
Detekce patogenů lilku bramboru přežívajících v půdě
Valkovičová, Nikola
Bakalářská práce se zabývala detekcí a sekvenací patogenů lilku bramboru přežívajících v půdě. Pozornost je věnována především patogenům rodu Fusarium. Tyto patogeny způsobu-jí suchou hnilobu brambor, která vytváří povlaky bílého mycelia a hlíza následně mumifikuje, není vhodná ke konzumaci a snižuje se výnos. Pro detekci patogenů byla zvolena jedna z nejpřesnějších metod – PCR. Pro detekci pato-genů rodu Fusarium z infikovaných bramborových hlíz byla použita konvenční PCR s nespecifickými primery ITS4 a ITS5 nasedající do oblasti mezi geny, které kódují RNA ITS4 a ITS5. Pro detekci patogenů z půdy byla zvolena real–time PCR s primery ITS1F a AFP346 nasedající do oblasti, které kódující nRNA a mezerníky ITS1 a ITS2. Testovaná půda byla uměle inokulována neznámým izolátem rodu Fusarium získaným z bramborové hlízy a sbírkovým izolátem Fusarium solani var. coeruleum. Sekvenace potvrdi-la infekci hlízy bramboru patogenem Fusarium culmorum a objasnila tak obtížnost kvantifika-ce.
|
|
|
Analýza horizontálního přenosu genetických komponent pomocí statické síťové analýzy
Labanava, Anastasiya ; Jurečková, Kateřina (oponent) ; Schwarzerová, Jana (vedoucí práce)
Bakalářská práce se věnuje problematice horizontálního přenosu genetických elementů mezi bakteriemi různých kmenů a implementaci softwarové analýzy, která umožní identifikaci genů, přenesených horizontálně. Použité balíčky a nástroje byly testovány na datasetu genomů bakterií několika kmenů. Teoretická část práce je věnována detailnímu popisu přenosu genetických elementů mezi bakteriemi a také jsou v ní popsány některé moderní laboratorní techniky umožňující sekvenaci genomů různými způsoby. V praktické části se práce zabývá předzpracováním genomických souborů za účelem získání vhodného formátu dat pro následnou anotaci. Pro detekci horizontálního přenosu genetických komponent mezi jednotlivými bakteriemi je představen vlastní skript, který anotované baktérie seřazuje do tabulek a hledá v jejích genomech stejné geny, které dle teoretických předpokladů byli přeneseny horizontálním způsobem. Dále je detekovaný přenos genů vizualizován pomocí nástrojů, které graficky znázorňují fylogenetické vztahy mezi bakteriemi. V posledním kroku jsou mobilní genetické elementy vizualizovány pomocí sítí a na základě jejich statické analýzy je provedena diskuse k výsledkům přesnosti a úspěšnosti navrhnuté analýzy.
|
|
|
Vyšetření polymorfismů v genu IFITM3 pomocí sekvenace a jejich klinický význam pro průběh virových onemocnění
TROJÁKOVÁ, Simona
Interferonem indukovaný transmembránový protein 3 je protizánětlivý cytokin, který patří do skupiny interferonem stimulovaných genů. Topologie genu IFITM3 byla objasněna analýzou elektronové paramagnetické a nukleární magnetické rezonance. Protein kódovaný tímto genem navozuje imunitu proti viru chřipky A a dalším virovým onemocněním. Dále také narušuje homeostázu intracelulárního cholesterolu, inhibuje vstup virů do cytoplazmy hostitelských buněk a inaktivuje nové obalené viry vycházející z infikované buňky. Proteiny IFITM omezují replikaci viru tak, že regulují expresi virového proteinu a snižují infekčnost vznikajících virů. Pro objasnění mechanismu účinku proteinu IFITM3 a jeho vlivu na závažnost průběhu virového onemocnění je analýza jednonukleotidových polymorfismů v genu IFITM3 velmi významná. Teoretická část se zabývá rodinou interferonem indukovaných transmembránových proteinů, dále především popisem a funkcí genu IFITM3 včetně jeho polymorfismů. Tento gen je lokalizován na chromozomu 11 a jeho velikost je přibližně 18 Kb. Genová variabilita IFITM3 může zásadně ovlivnit průběh chřipky i jiných virových onemocnění. Praktická část bakalářské práce je zaměřena na detekci polymorfismů rs12252, rs34481144 a rs1136853 v genu IFITM3 pomocí metody PCR a přímé sekvenace. V rámci této části bylo nutné zvládnout některé základní laboratorní metody jako je izolace DNA z primárních vzorků, metoda PCR, příprava PCR produktu pro sekvenaci, analýza sekvenačních dat, zpracování výsledků a určení konkrétních genotypů u testovaných jedinců.
|
|
|
Výskyt lidských adenovirů v biologických vzorcích dýchacích cest u pacientů FN MOTOL
NOVÁKOVÁ, Veronika
Lidské adenoviry se vyskytují celosvětově a způsobují endemické a epidemické one-mocnění. Adenovirové infekce jsou spojeny s vysokou morbiditou a mortalitou zejména u pediatrických příjemců krvetvorných kmenových buněk. Bakalářská práce se zabývá srovnáním komerční a in-house soupravy na detekci lidských adenovirů. Cílí na zlepšení diagnostiky adenovirových infekcí ve Fakultní nemocnici v Motole, především u imunokompromitovaných pacientů, kde je včasná a přesná diagnostika důležitá. Teoretická část práce obsahuje charakteristiku adenovirů, jejich klinické projevy a ne-moci a využití při experimentální léčbě. Praktická část práce je zaměřená na screening vzorků dýchacích cest pomocí kvantitativní in-house soupravy a její porovnání s dříve provedenou detekcí pomocí komerční soupravy Anyplex TM II RV16. Přítomnost adenovirů byla testována v 1881 vzorcích od 1420 pacientů s příznaky respirační infekce pomocí real-time PCR. Celkem se adenovirus podařilo detekovat ve 187 vzorcích (9,9%) od 169 pacientů (11,9%). Sto vzorků (53,5%) bylo pozitivních oběma metodami, 26 (13,9%) jen pomocí komerční detekce a 61 (32,6%) pozitivních pouze in-house metodou. Adenoviry byly nejčastěji detekovány na Pediatrické klinice, Klinice dětské hematoonkologie, dále také u dospělých imunosuprimovaných pacientů z III. chirurgické kliniky a Kliniky anesteziologie, resuscitace a intenzivní medicíny. U všech pozitivních vzorků byla provedena následně sekvenace hypervariabilního úseku 1-6 hexonového genu přičemž reprezentativní sekvenci k identifikaci se nám podařilo získat u 70 vzorků. Nejčastěji byly detekovány genotypy C2 (25,7 %), A31 (24,3 %), B3 (15,7 %) a C1 (11,4 %). Z 26 vzorků pozitivních pouze soupravou Anyplex TM II RV16, se podařila sekvenace u 3 vzorků, které byly identifikovány jako genotyp B3, naopak v případě vzorků pozitivních pouze in-house soupravou bylo z 61 vzorků identifikováno 15 vzorků jako genotyp A31 a 3 vzorky jako AdV skupiny C. Srovnání souprav ukazuje na nedostatečnou citlivost komerční soupravy Anyplex TM II RV16 pro detekci adenovirů.
|
|
|
Výskyt laktózové intolerance v české populaci
CHÁNOVÁ, Jiřina
Cílem této diplomové práce je shrnout současné poznatky o problematice velmi časté poruchy gastrointestinálního traktu - laktózové intolerance. V experimentální části byl sledován výskyt genotypových frekvencí v genu MCM6. Konkrétně výskyt dvou jednonukleotidových polymorfismů C/T-13910 a G/A-22018, které jsou spojeny s primární laktózovou intolerancí. Dílčím cílem práce bylo zhodnotit možnou genetickou asociaci mezi intolerancí laktózy a syndromem dráždivého tračníku.
|
|
|
Vliv sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu blízce příbuzných bakteriálních kmenů.
Slavíček, David ; Sedlář, Karel (oponent) ; Nykrýnová, Markéta (vedoucí práce)
Tato bakalářská práce se zabývá vlivem sekvenátorů druhé a třetí generace na cgMLST analýzu bakteriálního genomu. V teoretické části byly popsány některé sekvenátory druhéa třetí generace a principy sestavování genomu. V praktické části pak byly použity nasekvenované genomy bakterií z FN Brno. Jedná se o genomy šesti bakterií Klebsiella pneumoniae, které byly nasekvenovány na dvou různých sekvenátorech, Illumina Miseqa Oxford Nanopore Technologies Minion. Tyto genomy byly sestaveny. Pro cgMLST analýzu byly vybrány vhodné geny a vyřazeny genomy, které se nepodařilo sestavit vdostatečné kvalitě. Následně byla cgMLST analýza provedena a výsledky graficky zobrazeny.
|
|
|
Proteiny v těhotenství - molekulárně biologická a biochemická analýza
Muravská, Alexandra ; Kalousová, Marta (vedoucí práce) ; Černá, Marie (oponent) ; Průša, Richard (oponent)
Cílem této disertační práce bylo zavést metodiky analýzy vybraných polymorfizmů genu PAPP-A (Pregnancy-Associated Plasma Protein A) a studovat genetické pozadí genu PAPP-A a sérové koncentrace PAPP-A a PlGF (Placental Growth Factor) ve vztahu k patologickému těhotenství. Dalším cílem bylo zavést metodiku dvourozměrné (2D) elektroforézy plodové vody. Byla zavedena metoda na analýzu deseti polymorfizmů genu PAPP-A. Tyto polymorfizmy, sérové koncentrace PAPP-A a plasmatické koncentrace PlGF byly studovány u celkově 165 těhotných pacientek ve třetím trimestru gravidity s hrozícím předčasným porodem (N=98), preeklampsií (N=35), růstovou retardací plodu IUGR (N=34) a benigní těhotenskou cholestázou (N=15). 114 zdravých těhotných žen sloužilo jako kontroly. V rámci této práce byla zavedena 2D elektroforéza plodové vody. U pacientek s preeklampsií jsme nalezli signifikantně častější výskyt genotypu TT polymorfizmu Cys327Cys (C/T) genu PAPP-A v porovnání s kontrolami. Pacientky s těhotenskou cholestázou vykazovaly trend k zvýšeným hladinám PAPP-A, kdežto u pacientek s hrozícím předčasným porodem byly tyto hodnoty spíše nižší. U pacientek s těhotenskou cholestázou a hrozícím předčasným porodem se hladiny PlGF nelišily od kontrolní skupiny. Pozitivní korelace PlGF s hladinami PAPP-A byla nalezena u skupiny...
|
host ::
RSS.